De ilustres y aristocráticos orígenes, este destacado hombre de letras, era hijo de Manuel Mujica Farías y Lucía Lainez Varela. Su abuelo paterno, Eleuterio Santos Mujica y Covarrubias, descendiente nada menos que del fundador de Buenos Aires y Santa Fe, Juan de Garay, le inculcó el amor a la tierra natal; el materno, Bernabé Lainez Cané, el gusto por la literatura. Su abuela materna, Justa Varela, era sobrina de Juan Cruz y Florencio Varela.

En 1923, cuando la familia de Torres viajó a Boedo, Argentina, el joven se educó durante dos años en París. Su primera novela, Louis XVII, fue dedicada a su padre y escrita en francés. Terminó su educación secundaria en el Colegio Nacional de San Isidro. En 1928, ingresó en la Facultad de Derecho que, dos años después, abandonó. Contrajo matrimonio en 1936 con Ana de Alvear Ortiz Basualdo. Tuvieron tres hijos: Diego, Ana y Manuel.

Tuvo su paso por el periodismo, en 1932, había accedido como redactor al diario La Nación. A punto de jubilarse como crítico de arte y columnista en ese diario, compró una quinta en las sierras de Córdoba en la que a menudo escapaba de los compromisos de Buenos Aires en pos de tranquilidad para escribir. Al fin, en 1969, el escritor y su familia se trasladaron a la zona de Cruz Chica en La Cumbre, Córdoba, a una antigua casona de estilo colonial español, rodeada por un importante parque, "El Paraíso".

En 1936, publicó Glosas castellanas, una serie de ensayos, la mayoría de los cuales se centra en el Quijote. Dos años después, publicó Don Galaz de Buenos Aires.

Le siguen las biografía de su antepasado Miguel Cané (padre), en 1942, más las de Hilario Ascasubi: Aniceto, el Gallo (1943) y de Estanislao del Campo: Anastasio, el Pollo (1947).

En 1949, publicó un libro de cuentos, Aquí vivieron, en torno a una quinta de San Isidro. Su segundo libro de cuentos, Misteriosa Buenos Aires, se ambientó también en la Capital de la Argentina y su historia desde la fundación, en la que mezcla personajes típicos ficticios con hechos y personajes reales.

Le siguió una serie de libros sobre la sociedad porteña de su época, con un tinte que algunos consideraron decadente: Los ídolos, La casa, Los viajeros, Invitados en El Paraíso. Manuel Mujica Lainez con Bomarzo, inició un nuevo ciclo de obras eruditas y fantásticas en el molde de la novela histórica. Es una historia sobre el Renacimiento italiano narrada por un muerto, Pier Francesco Orsini, el noble jorobado que dio nombre a los famosos y extravagantes jardines italianos de Bomarzo. En esta novela puede asistirse a la coronación de Carlos I de España, a la batalla de Lepanto, pasando por las poco edificantes costumbres de Papas y personajes de la época y crímenes de copa y puñal.

La obra ha dado argumento a una ópera premiada y reconocida en el mundo con música de Alberto Ginastera y cuyo libreto compuso el mismo Mujica Lainez. Se estrenó en Washington en 1976 y fue prohibida por la dictadura Argentina.

El unicornio fue ambientada en la Edad Media francesa de los trovadores. Su protagonista es el hada Melusina, víctima de una maldición que le da, todos los sábados, cuerpo de serpiente y alas de murciélago; testigo de los avatares de la época de las Cruzadas, sigue las peripecias de su prole de Lusignan hasta la toma de Jerusalén por Saladino.

Le suceden Crónicas reales, y De milagros y melancolías.

Ya en La Cumbre, Córdoba, escribió Cecil, El laberinto, otra novela histórica protagonizada por "Ginés de Silva", el chico que, en la parte inferior del cuadro El entierro del Conde de Orgaz de El Greco sostiene un cirio encendido, mira al espectador y presenta la escena; según algunos autores, era Juan Manuel, el hijo de El Greco.

Esta novela muestra la España en tiempos de Felipe II, su esplendor y su miseria, antes de que el protagonista partiera hacia América. Éste declara ser hijo de la ilustre fregona cervantina, y sobrino del Caballero de la mano en el pecho, y con esos mimbres presentará a personajes que van desde Lope de Vega al Inca Garcilaso, pasando por Fray Martín de Porres o Juan Espera Dios, el Judío Errante (que, de una forma u otra, aparece en todas las obras de la tetralogía formada por Bomarzo, El unicornio y El escarabajo).

Todavía publicó otra novela histórica, El escarabajo, sobre un anillo egipcio que es, a la vez, el narrador de la historia de todos sus posesores, desde la reina Nefertari hasta una millonaria estadounidense, pasando por la mano de uno de los asesinos de Julio César o la de Miguel Ángel, entre otros.

Sus libros han sido traducidos a más de quince idiomas.

Se le deben, además, traducciones de los Sonetos de William Shakespeare y de piezas de Racine, Molière y Marivaux.